Il est urgent de créer de nouveaux laboratoires de diagnostic de la COVID-19 et de mettre en place des procédures pour les laboratoires existants afin de gérer les nouveaux processus de dépistage. Les Centres pour le contrôle et la prévention des maladies (CDC) fournissent des directives spécifiques sur la meilleure façon de collecter, de manipuler et d’expédier les échantillons de COVID-19. Les CDC fournissent également des directives actualisées relatives à la biosécurité en laboratoire et à la COVID-19. L’ensemble du personnel de laboratoire doit recevoir une formation adéquate, voire des évaluations complètes, afin de garantir la compréhension de ces directives par tous, car aucun laboratoire ne souhaite avoir de résultats dangereux qui pourraient avoir un impact sur les patients, le personnel et les résultats des tests de la COVID-19.

Collecte, manipulation et analyse d’échantillons cliniques

Afin de surmonter les difficultés liées au prélèvement, à la manipulation et à l’analyse des échantillons cliniques, le personnel de laboratoire doit être formé à un ensemble de directives standardisées relatives à la validation des tests diagnostiques. Avant de tester un patient, le laboratoire doit comprendre que le diagnostic clinique de la COVID-19 doit être réalisé en consultation avec le professionnel de santé du patient. La plupart des patients nécessitant un test sont adressés par un professionnel de santé, puis dirigés vers le centre de dépistage le plus proche. Lors du premier test de dépistage de la COVID-19, les CDC recommandent de prélever et d’analyser un échantillon des voies respiratoires supérieures.1 L’échantillon nasopharyngé est le choix privilégié pour le dépistage du SARS-CoV-2 par écouvillonnage.1 Lorsque le prélèvement nasopharyngé n’est pas possible, les alternatives suivantes sont acceptables.1

1. Un échantillon oropharyngé (OP) prélevé par un professionnel de la santé, ou

2. Un écouvillon nasal moyen (NMT) prélevé par un professionnel de la santé ou par auto-prélèvement sur place (à l’aide d’un écouvillon conique floqué), ou

3. Un échantillon de narine antérieure (écouvillon nasal ; NS) prélevé par un professionnel de la santé ou par auto-prélèvement sur place (à l’aide d’un écouvillon en polyester floqué ou filé).

Si des écouvillons nasaux et oraux sont prélevés, il est important de les combiner dans un seul tube afin de maximiser la sensibilité du test et de limiter les ressources nécessaires. De plus, les CDC recommandent de tester les échantillons des voies respiratoires inférieures, lorsque disponibles.1 Chez les patients présentant une toux productive, des expectorations doivent être collectées et testées pour le SARS-CoV-2. L’induction d’expectorations est déconseillée. Lors du prélèvement des expectorations, le laboratoire doit demander au patient de se rincer la bouche à l’eau, puis de tousser profondément. 2 à 3 ml d’expectorations doivent être versés directement dans un récipient stérile et sec, muni d’un bouchon à vis et d’un récipient stérile étanche.1

Lorsque cela est cliniquement indiqué (par exemple, chez les patients sous ventilation mécanique invasive), un échantillon d’aspirat des voies respiratoires inférieures ou de lavage broncho-alvéolaire doit être prélevé et analysé comme un échantillon des voies respiratoires inférieures.1 Chaque échantillon prélevé doit comporter : 1) un numéro d’identification unique du patient, 2) un numéro de demande de laboratoire et 3) le type d’échantillon prélevé. Les échantillons prélevés doivent être conservés entre 2 et 8 °C pendant 72 heures maximum après le prélèvement. En cas de retard dans les analyses ou l’expédition, les échantillons doivent être conservés à -70 °C ou moins.

Test RT-PCR

Les laboratoires de dépistage de la COVID-19 effectuent une amplification en chaîne par polymérase (RT-PCR) pour détecter l’ARN du virus dans les échantillons prélevés dans les voies respiratoires supérieures et inférieures. Un résultat positif n’exclut pas une infection bactérienne ni une co-infection par d’autres virus. L’agent pathogène détecté peut ne pas être la cause définitive de la maladie. Tout résultat positif doit être signalé aux autorités de santé publique compétentes. Il est important de combiner les résultats négatifs avec les observations cliniques, les antécédents du patient et les informations épidémiologiques.

Test d’anticorps

Les anticorps sont des protéines produites par les globules blancs pour combattre une infection. Ils peuvent rester dans le sang longtemps après la guérison de l’infection. Les tests d’anticorps permettent de déterminer si une personne a été exposée à la COVID-19. Face à la demande, l’un des principaux défis est de développer des centres de dépistage dédiés à la détection des anticorps anti-COVID-19. Compte tenu du nombre croissant de personnes dans le monde, les laboratoires de dépistage de la COVID-19 devront prochainement développer des tests à domicile, multiplier les centres de dépistage au sein des communautés et proposer ces tests aux professionnels de santé. L’élaboration et la production de ces recommandations permettront d’accroître la capacité globale de dépistage.

Modifications apportées aux améliorations des laboratoires cliniques (CLIA)

Les Centers for Medicare and Medicaid Services (CMS) ont modifié les directives CLIA pour répondre aux besoins de la pandémie actuelle de COVID-19. Pendant cette pandémie, un certificat distinct est requis pour les laboratoires situés sur un site de test temporaire, à condition que le site principal désigné ou le siège social dispose d’un tel certificat (utilisant l’adresse du site principal) et que le travail effectué sur le site de test temporaire soit conforme aux paramètres du certificat du site principal.3 Les laboratoires ont besoin d’un certificat CLIA pour effectuer des tests COVID-19. En vertu de la CLIA, il est interdit aux laboratoires de tester des échantillons humains à des fins de diagnostic, de prévention, de traitement ou d’évaluation de la santé sans un certificat CLIA valide.3 Pour obtenir la certification CLIA, les laboratoires doivent se conformer aux exigences de précision, de qualité et de fiabilité dictées par la loi.3 L’objectif de ces exigences est de garantir que les informations que les patients ou leurs prestataires de soins reçoivent d’un laboratoire clinique sont des résultats de test précis et fiables.3 Les laboratoires qui souhaitent obtenir la certification CLIA doivent demander un certificat CLIA en remplissant une demande CLIA.

ISO 15189:2012

La norme ISO 15189:2012 est une norme réglementaire internationale qui spécifie les exigences de qualité et de compétence des laboratoires de biologie médicale. Elle est principalement divisée en deux sections : les exigences de gestion et les exigences techniques. Parmi les exigences de gestion figurent la maîtrise des documents, l’enregistrement des actions correctives et préventives prises en cas de non-conformité, l’évaluation et les audits. Les exigences techniques concernent le personnel de laboratoire, la gestion des informations de laboratoire, la communication et la publication des résultats d’analyse.8 La norme met l’accent sur la gestion de la qualité et la mise en œuvre de programmes d’amélioration continue de la qualité, permettant aux laboratoires de garantir l’exactitude et la fiabilité des résultats d’analyse. La norme ISO 15189 encourage les laboratoires à identifier les opportunités d’amélioration et à impliquer le personnel dans la résolution des problèmes et la mise en œuvre de solutions. L’accréditation ISO 15189 permet aux laboratoires de minimiser les erreurs pré- et post-analytiques et d’améliorer la qualité des résultats. Plusieurs pays ont rendu l’accréditation ISO 15189 obligatoire pour les laboratoires de biologie médicale. Cependant, aux États-Unis, l’accréditation des laboratoires de biologie médicale selon la norme ISO 15189 n’est pas obligatoire, mais volontaire.9

HIPAA

La règle de confidentialité de la loi HIPAA (Health Insurance Portability and Accountability Act) autorise une entité couverte à divulguer les informations médicales protégées (PHI) d’une personne infectée ou exposée à la COVID-19 aux forces de l’ordre, aux ambulanciers, aux autres premiers intervenants et aux autorités de santé publique sans l’autorisation HIPAA de la personne dans certaines circonstances.7 Cependant, lors du stockage d’échantillons au sein du laboratoire de diagnostic clinique, tous les échantillons doivent recevoir le code-barres LIMS et anonymisé. Ce code-barres anonymisé LIMS sera utile pour générer un identifiant patient unique. Les laboratoires de diagnostic clinique et le cabinet clinique doivent conserver des copies de tous les formulaires de consentement éclairé signés, car cela protège leur entité ainsi que tous les collaborateurs approuvés.

Emballage COVID-19 sous la référence 3373 des Nations Unies (UN3373)

Les échantillons COVID-19 sont classés sous la catégorie UN3373 (matières biologiques de catégorie B). Les échantillons COVID-19, classés sous le numéro UN3373, sont des matières d’origine humaine transportées à des fins de diagnostic ou d’investigation. Ces matières comprennent les excréments, le sang et ses composants, ainsi que d’autres tissus et fluides. L’emballage doit comporter trois éléments : 1) un ou plusieurs récipients primaires étanches ; 2) un emballage secondaire étanche ; et 3) un emballage extérieur suffisamment résistant pour sa capacité, sa masse et son utilisation prévue, et dont au moins une surface mesure au moins 100 mm × 100 mm.4,11

Expédition d’échantillons de COVID-19

Les échantillons COVID-19 sont considérés comme des marchandises dangereuses. Par conséquent, ils doivent être emballés et expédiés conformément à la réglementation en vigueur de l’Association du transport aérien international (IATA) sur le transport des marchandises dangereuses. L’IATA collabore avec les autorités locales pour garantir un transport efficace et sûr des marchandises dangereuses afin de prévenir toute contamination. Le personnel de laboratoire doit suivre et réussir la formation et l’évaluation des compétences de l’IATA pour le transport de marchandises dangereuses.5,11

Personnel de laboratoire

Lors du recrutement de personnel de laboratoire, la direction doit envisager de recruter des personnes ayant une formation en sciences biologiques, en sciences biomédicales, en chimie, en sciences de laboratoire clinique ou en biotechnologie. Cette formation apporte aux nouveaux employés des connaissances en chimie organique, histologie, génétique, immunologie, pathologie moléculaire et biologie. Cela les aidera à comprendre la dynamique des échantillons cliniques et à travailler en laboratoire.

De plus, le personnel de laboratoire doit posséder de bonnes compétences en communication verbale. Il rencontrera les patients, et parfois même leur famille, pour leur expliquer le protocole d’approvisionnement et obtenir les signatures des formulaires de consentement éclairé (FCE) afin de prélever les échantillons destinés aux analyses de laboratoire. En fonction du nombre d’échantillons prélevés et du nombre de protocoles COVID-19 attribués, il est important pour les laboratoires de diagnostic clinique, qui travaillent par quarts de 8 heures, de disposer d’un responsable de laboratoire, d’un coordinateur principal de laboratoire, qui participera également aux tâches administratives, de deux techniciens de laboratoire, qui se chargeront de l’approvisionnement, du stockage et de l’expédition des échantillons COVID-19, et d’une personne chargée de la gestion financière. Le responsable et le coordinateur principal du laboratoire travailleront ensemble pour dispenser les formations, commander les fournitures nécessaires, gérer les plannings, communiquer avec les professionnels de santé et garantir la conformité dans tous les domaines du laboratoire de diagnostic. De nombreux laboratoires de diagnostic font appel à des stagiaires de premier ou de deuxième cycle pour les aider dans les tâches administratives et l’expédition des échantillons.

Système de gestion des informations de laboratoire (LIMS)

Tout le personnel de laboratoire doit être formé à l’utilisation d’un LIMS. Un LIMS est une application sécurisée, de bureau ou web, nécessaire au transfert précis et automatisé de toutes les données démographiques et cliniques associées à chaque échantillon prélevé. Face au besoin urgent de tests de diagnostic clinique pour les échantillons de COVID-19, une solution logicielle de laboratoire dédiée au coronavirus contribuera à prévenir les erreurs entre le site clinique et le laboratoire de diagnostic clinique. Par exemple, un LIMS COVID-19 sera un outil efficace pour enregistrer le prestataire de soins de santé référent, le type d’échantillon prélevé, la localisation de chaque échantillon, le diagnostic confirmé de chaque échantillon prélevé, etc. Les techniciens de laboratoire doivent être responsables de la saisie des données dans le LIMS pour chaque échantillon prélevé. Un LIMS est utile pour générer des données précises nécessaires à la création de rapports. Un logiciel LIMS cloud est même accessible depuis une tablette ou un appareil mobile, ce qui est utile pour les sites de test distants et pour la gestion des opérations11.

Minimiser les risques conformément aux directives de biosécurité des laboratoires du CDC

Des équipements de protection individuelle (EPI) doivent être fournis aux personnes qui collectent des échantillons de COVID-19. Les laboratoires de tests de diagnostic de la COVID-19 doivent fournir au personnel un écran facial ou des lunettes de protection, un respirateur N95 ou supérieur, des blouses d’isolement, des gants, des coupelles de sécurité pour centrifugeuses et des rotors de centrifugeuse scellés.6 Ces laboratoires doivent disposer d’équipements pour traiter les échantillons, isoler le virus, effectuer des tests de diagnostic de routine et analyser les échantillons environnementaux. Il est obligatoire de décontaminer les surfaces de travail et l’équipement avec des désinfectants appropriés homologués par l’EPA et une gestion des déchets de laboratoire doit être en place.6 Des fournitures adéquates pour l’emballage et l’expédition sont obligatoires conformément à la réglementation de l’IATA sur les marchandises dangereuses.6 Le laboratoire doit s’assurer que les stocks suffisants de désinfectant, de lingettes désinfectantes, de nettoyants et d’EPI ne sont jamais épuisés.

Conclusion

Les principaux défis auxquels sont confrontés les laboratoires de diagnostic clinique sont : 1) la prévention de la contamination au sein du laboratoire ; 2) la satisfaction de la demande de tests ; et 3) le maintien d’un laboratoire performant et axé sur la prévention des erreurs. Un personnel, des fournitures et une formation adéquats sont nécessaires pour prévenir les situations dangereuses et garantir un reporting précis des tests de diagnostic. Cet article décrit les étapes clés et cruciales pour aider les responsables et les directeurs à accélérer la mise en place d’un laboratoire de diagnostic de la COVID-19. Les responsables et les directeurs de laboratoire peuvent s’appuyer sur ce document pour sélectionner et recruter du personnel, assurer la formation réglementaire nécessaire à l’expédition des échantillons de COVID-19, définir un protocole standardisé de collecte et de validation des tests de la COVID-19, et mettre en place un système de gestion de l’information (LIMS). Il est essentiel de disposer d’un modèle permettant de surmonter les défis liés au besoin urgent de tests de diagnostic des échantillons de la COVID-19.